对于肺纤维化患者，虽然纤维支气管镜检查主要目的是排除其他疾患，如结节病、结核病、新生物等，同时也为了进行支气管肺泡灌洗和经支气管镜肺活检检查。纤维支气管镜直接观察多无异常发现。支气管肺泡灌洗液中细胞成分因疾病时期的不同，可有嗜中性粒细胞或淋巴细胞增多。上清液中可有一些有诊断意义的物质含量增高，如胶原酶、前胶原成分及磷脂等。
肺纤维化直接的诊断方法仍是肺活检。支气管肺泡灌洗液因取材小，在肺纤维化的诊断上有限制性，但作为鉴别诊断仍很有用。
外科肺活检是诊断肺纤维化的金标准。外科肺活检至少取两处有代表性的标本。同时取材于中等受累和未受累（大体正常）的部位，避免只取材病变最严重部位。应从同一则肺上下叶采集2或3块肺组织，避开舌叶和中叶，因为这些区域常出现非特异性瘢痕和炎症性病变。即使是外科肺活检，叶与叶之间的细胞性病变、纤维化性病变和程度也存在差异，甚至同一叶内亦如此。
开胸肺活检虽然取材满意，但损伤大，合并症较多，晚期重症患者难以负担。近年来，经光导纤维胸腔镜，通过电视转放，经过损伤孔可行活体组织夹取。手术创伤小，只经胸壁肋间切3个孔道以通过纤维胸腔镜和手术器械，不需切开胸腔。视野清晰，损伤安全，合并症发生率较开胸手术低，为诊断间质性肺疾病提供了一种新手段。